总分机构的税款计算缴纳相当繁杂，在这里简要说一下。

增值税

（1）经批准后汇总纳税的，由总公司汇总计算，分公司按照规定的分成比例在当地缴纳增值税。

（2）不是汇总纳税的，分公司自己核算并在当地缴纳增值税。

如某总公司是增值税汇总纳税企业，实现的收入是1亿元，一个分公司实现的收入1千万元，总公司汇总计算后应缴纳的增值税税款是500万元，那么按收入所占比例，分公司要在当地缴纳的增值税=500×（1000÷10000）=50万元。

企业所得税

企业所得税法实行的是法人所得税制，汇总纳税企业实行统一计算，由总公司进行缴纳。

（1）总分公司都在一个省的，总分公司如何分摊企业所得税由省税务局决定。很多地方都是由总公司缴纳，分公司不在当地缴纳企业所得税。

（2）总分公司是跨省市的，总分机构分摊计算缴纳企业所得税的方法是：

总机构分摊税款=汇总纳税企业当期应纳所得税额×50％

所有分支机构分摊税款总额=汇总纳税企业当期应纳所得税额×50％

也就是汇总计算出来的企业所得税，总公司在当地缴纳一半，其它的分公司等分支机构合计占一半。

在具体到某个分公司缴纳企业所得税时，要先计算它的分摊比例，主要是按照上年度分支营业收入、职工薪酬和资产总额三个因素计算比例，相应的权重分别为：0.35、0.35、0.3，那么计算分摊比例的公式如下：

某分支机构分摊比例=（该分支机构营业收入÷各分支机构营业收入之和）×0.35+ （该分支机构职工薪酬÷各分支机构职工薪酬之和）×0.35 + （该分支机构资产总额÷各分支机构资产总额之和）×0.30。

分公司按照自己的分摊比例，再计算分摊的税款，公式如下：

某分支机构分摊税款=所有分支机构分摊税款总额×该分支机构分摊比例

=汇总纳税企业当期应纳所得税额×50％ ×该分支机构分摊比例

举例说明：某总机构计算当期的企业所得税需要缴纳1000万元，某分支机构的分摊比例经计算后为20%，那么该分支机构需要在当地缴纳的企业所得税=1000×50％×20％=100万元。

个人所得税

个人所得税，以支付所得的单位或个人为扣缴义务人。如果员工工资薪金是分公司支付的，应由分公司代扣代缴个人所得税。如果员工工资是由总公司直接支付的，应由总公司代扣代缴个人所得税。这个就不举例说明了。

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